Руководство музея объявило о планах раскопок на Заячьем острове летом 2013 года, в ходе которых планируется обнаружить останки жертв «красного террора». В ходе работ на острове будет исследована территория, площадь которой составит 1000 квадратных метров.
На проведение раскопок из городского бюджета Петербурга будет выделено 2 миллиона рублей. В ходе археологических раскопок за прошлые годы исследовано около 1300 квадратных метров земли, обнаружены останки 112 расстрелянных. Исследованию подлежит территория площадью еще в 2700 квадратных метров. Идентификация останков почти невозможна, так как в списках расстрелянных из архивов ФСБ место казни обычно не указывалось. Не упоминаются имена погибших и в публикациях времен Гражданской войны. Место захоронения останков станет известно только после того, как все работы будут завершены. На исследования уйдет не менее трех лет.
Захоронения на острове находили с 1989 года. Впервые останки были найдены при проведении земляных работ. Результаты исследования останков, а также найденных предметов позволяют предположить, что люди были убиты и захоронены в годы Гражданской войны. Еще 2 могильные ямы были найдены в период с 2007 по 2009 год. В 2010 и 2011 году поисковые и исследовательские работы проводились за счет средств музея. Группа из сотрудников музея совместно с представителями других организаций, ведущими раскопки на Заячьем острове, подвели итог работы за 2011 год. За время раскопок ничего не было обнаружено, зато удалось выяснить имя одного из казненных в 1918 году.
Стоит напомнить, что захоронения находили совершенно случайно во время земляных работ на Заячьем остове, и, лишь в 2010 году – во время плановых поисковых работ. Останки погибших были найдены на территории Монетного двора. Исследователи убеждены: под автобусной стоянкой останков быть не может, но, возможно, что они находятся под площадкой для вертолетов. Но вести раскопки под ней вряд ли удастся, так как объект является собственностью Федеральной Службы Охраны РФ.